В октябре 2009 года разгорелся скандал, связанный со случаями педофилии в «Артеке». Согласно заявлению народного депутата Григория Омельченко, в истории замешаны в том числе 3 депутата Верховной Рады; якобы детей насиловали и снимали на видео[9][10][11][12][13][14].
В СМИ указывается причастность к этим случаям нескольких сотрудников «Артека», в том числе Генерального директора Международного детского центра «Артек» Бориса Новожилова[15] Один из подозреваемых арестован, при этом в Генпрокуратуре уточнили, что речь идет не об изнасиловании, а о растлении детей[9]. В то же время руководство МДЦ «Артек» в своём официальном пресс-релизе отметило, что всякие заявления о случаях изнасилования детей в лагере не имеют к «Артеку» никакого отношения и невозможны на территории центра. Более того, директор МДЦ «Артек» Борис Новожилов заявил, что данная клеветническая кампания является следствием того, что нынешняя администрация центра дала отпор стратегическим планам коррумпированных политиков разрушить уникальный социокультурный центр «Артек»[9].
В мае 2010 года деятельность следственной комиссии была прекращена, но Новожилов ушёл в отставку[16]. Однако, в июле 2010 года генпрокуратура Украины заявила, что расследование продолжается[17].
Бывший начальник крымской милиции Геннадий Москаль заявил о закрытии «дела педофилов»[18]. Однако менее чем через полдня МВД Украины опровергло ошибочную информацию о якобы закрытии громкого «дела педофилов»[19]. Дело закрыто.