В своих работах Юрий Мухин критикует многие общепринятые исторические положения и выдвигает собственные общественные, исторические и философские теории.
Среди основных идей, поддерживаемых Юрием Мухиным:
Делократия: любой труд в производственной или непроизводственной сфере должен оцениваться не начальником исполнителя этого труда, а исключительно потребителем;
первый президент России Б. Н. Ельцин умер в 1996 году, и до 2007 года его замещал двойник или двойники;
пленные польские офицеры в Катыни были убиты немецкими оккупантами осенью 1941 года;
одной из главных причин значительных потерь РККА в летней кампании 1941 года было отсутствие современной связи в советских войсках, в отличие от вермахта;
И. В. Сталин был убит, как минимум, неоказанием помощи при инсульте, а Л. П. Берия застрелен без суда и следствия в результате заговора Н. С. Хрущёва и ряда близких к нему лиц;
Культ личности Сталина был создан партийной номенклатурой в собственных же интересах. Культ личности основывался на личном авторитете Сталина, заработанным его умом и трудолюбием.
репрессии, происходившие при непосредственном участии Сталина и Берии, были обоснованны (вопрос, главным образом, рассмотрен в книге «Убийство Сталина и Берия»);
Сталин стремился к отстранению коммунистической партии от власти и превращению её в общественную организацию духовно-воспитательного типа, наподобие церкви (духовного ордена);
приказ о приведении советских войск в полную боевую готовность перед германским нападением был отдан Сталиным своевременно — 18 июня 1941 г., однако саботирован генералитетом;
Т. Д. Лысенко был прав во всех основных положениях своей теории, а его противники были псевдонаучными шарлатанами;[2]
основной причиной голодомора на Украине и Кубани было уничтожение тяглового скота (волов) самими крестьянами в процессе коллективизации;
спецслужбы разных стран в процессе многолетней коррупции и отсутствии должного контроля склонны к превращению в антигосударственные криминальные образования; в частности, теракт 11 сентября 2001 года в США, проведённый, как утверждает Мухин, ЦРУ США;
американцы никогда не высаживались на Луну в рамках программы «Аполлон»[3]; СССР не стал развенчивать эту аферу предположительно потому, что в ответ ЦРУ раскрыло бы информацию о неблаговидной роли КГБ СССР в деле устранения Сталина и Берии;
качество подготовки кадровых военных до Великой Отечественной войны было низким, и это, в значительной степени, предопределило поражения и излишние потери на протяжении всей войны;
Бога не существует, однако у всех живых существ имеется «Дух» — основа животного мышления, а у человека, кроме того, Душа — основа человеческой сущности, оба явления материальны, предположительно полевой структуры; «Дух» угасает вместе с прекращением окислительного обмена веществ, «душа» остаётся существовать отдельно от трупа на неопределённо долгое время; посмертное бытие души определяется тем, смог ли данный человек при жизни возвыситься над животными инстинктами или нет;
одним из главных виновников Второй мировой войны (если не самым главным) является Польша — традиционно захватническая и антирусская политика польских правящих кругов, подстрекаемых Великобританией, послужила главным катализатором начала войны; нынешняя политика Польши также проводится в рамках этой концепции;
победы немецких лётчиков-асов во время Второй мировой войны по большей части сфальсифицированы пропагандой Геббельса и самими лётчиками;
ставятся под сомнение масштабы Холокоста, развивается идея об искусственной провокации антисемитизма в разных странах сионистами, чтобы ускорить отъезд евреев в Израиль, а также сотрудничество в этих целях с Гитлером;
самолёт Боинг-747 рейса «KAL-007» был сбит 1 сентября 1983 года не советскими ПВО, а американским истребителем, не над заливом Анива, а в районе Ниигаты. СССР, имея на руках доказательства этого, не выступил с обвинениями в адрес США предположительно потому, что в ответ ЦРУ раскрыло бы информацию о неблаговидной роли КГБ СССР в деле устранения Сталина и Берии;
Теория относительности неверна и была неоднократно опровергнута[4].
